體外模擬消化系統具有降低成本和時間，提高實驗重復性和準確性，可人工監控、定點取樣等優點，能夠部分或*替代活體實驗，因而沒有倫理限制，也避免了活體實驗中較大的個體差異性。

　　體外消化系統可廣泛應用于食品營養學，功能性活性物質代謝研究，藥物釋放動力研究，益生菌及益生元，食品毒理學研究，動物營養及飼料研究等。

　　人體胃腸道消化功能、能量代謝、疾病發生、免疫調節、營養物質消化吸收等均與腸道菌群息息相關。腸道菌群與機體間的相關作用及和對胃腸道消化吸收的影響，及對營養物質在人體胃腸道的代謝影響是目前的研究熱點，應用體外消化系統進行研究是一種有效的技術方法。通過人體糞便提取物可以構建人工腸道菌群。完整的體外消化系統應該包含穩定的、有生物活性的腸道菌群。體外仿真器官，人工消化液，人工腸道菌群等共同組成了完整的體外消化系統。體外消化系統在研究腸道微生態系統變化情況，營養物質或功能性組分在人體中的代謝變化等，是未來的熱點研究方向。